Babak gugur Piala Thomas 2016 adalah babak kedua dan terakhir dari putaran final Piala Thomas 2016, yang diselenggarakan bersamaan dengan Piala Uber 2016, dalam rangkaian Piala Thomas dan Uber 2016. Babak ini menggunakan sistem gugur dengan terdiri atas babak perempat final, semifinal, dan pertandingan final. Denmark meraih Piala Thomas edisi ini setelah mengalahkan Indonesia pada pertandingan final. Korea Selatan dan Malaysia sama-sama kalah dalam pertandingan semifinal.

	Perempat final				Semifinal				Final
	19 Mei – Kunshan
	Tiongkok	1
					20 Mei – Kunshan
	Korea Selatan	3
					Korea Selatan	1
	19 Mei – Kunshan
					Indonesia	3
	Indonesia	3
									22 Mei – Kunshan
	Hong Kong	1
									Indonesia	2
	19 Mei – Kunshan
									Denmark	3
	Tionghoa Taipei	1
					20 Mei – Kunshan
	Malaysia	3
					Malaysia	2
	19 Mei – Kunshan
					Denmark	3
	Jepang	2
	Denmark	3

Tionghoa Taipei  v  Malaysia

19 Mei 2016 (2016-05-19) 13.00 UTC+8

Tionghoa Taipei	1–3	Malaysia
	Laporan

Pusat Olahraga Kunshan Lapangan 2, Kunshan

Rincian
1 2 3 1 Chou Tien-chen Lee Chong Wei 18 21 18 21     2 Lee Sheng-mu / Tsai Chia-hsin Goh V Shem / Tan Wee Kiong 16 21 21 19 21 19   3 Hsu Jen-hao Iskandar Zulkarnain Zainuddin 8 21 13 21     4 Chen Hung-ling / Wang Chi-lin Koo Kien Keat / Tan Boon Heong 16 21 20 22     5 Wang Tzu-wei Chong Wei Feng       tidak dimainkan

Indonesia  v  Hong Kong

19 Mei 2016 (2016-05-19) 13.00 UTC+8

Indonesia	3–1	Hong Kong
	Laporan

Pusat Olahraga Kunshan Lapangan 3, Kunshan

Rincian
1 2 3 1 Tommy Sugiarto Ng Ka Long 11 21 21 19 21 15   2 Mohammad Ahsan / Hendra Setiawan Or Chin Chung / Tang Chun Man 17 21 19 21     3 Jonatan Christie Hu Yun 21 14 18 21 21 16   4 Angga Pratama / Ricky Karanda Suwardi Law Cheuk Him / Yeung Shing Choi 21 16 21 14     5 Ihsan Maulana Mustofa Wei Nan       tidak dimainkan

Tiongkok  v  Korea Selatan

19 Mei 2016 (2016-05-19) 19.00 UTC+8

Tiongkok	1–3	Korea Selatan
	Laporan

Pusat Olahraga Kunshan Lapangan 1, Kunshan

Rincian
1 2 3 1 Chen Long Son Wan-ho 12 21 21 16 15 21   2 Fu Haifeng / Zhang Nan Lee Yong-dae / Yoo Yeon-seong 25 23 21 23 12 21   3 Lin Dan Lee Dong-keun 21 10 21 15     4 Li Junhui / Zheng Siwei Kim Gi-jung / Kim Sa-rang 15 21 18 21     5 Tian Houwei Jeon Hyeok-jin       tidak dimainkan

Jepang  v  Denmark

19 Mei 2016 (2016-05-19) 19.00 UTC+8

Jepang	2–3	Denmark
	Laporan

Pusat Olahraga Kunshan Lapangan 4, Kunshan

Rincian
1 2 3 1 Sho Sasaki Viktor Axelsen 13 21 16 21     2 Hiroyuki Endo / Kenichi Hayakawa Mathias Boe / Mads Conrad-Petersen 16 21 17 21     3 Takuma Ueda Jan Ø. Jørgensen 21 13 13 21 21 10   4 Takeshi Kamura / Keigo Sonoda Kim Astrup / Anders Skaarup Rasmussen 21 15 21 17     5 Riichi Takeshita Hans-Kristian Vittinghus 21 23 17 21

Korea Selatan  v  Indonesia

20 Mei 2016 (2016-05-20) 13.00 UTC+8

Korea Selatan	1–3	Indonesia
	Laporan

Pusat Olahraga Kunshan Lapangan 2, Kunshan

Rincian
1 2 3 1 Son Wan-ho Jonatan Christie 21 10 21 16     2 Lee Yong-dae / Yoo Yeon-seong Mohammad Ahsan / Hendra Setiawan 15 21 12 21     3 Lee Dong-keun Anthony Sinisuka Ginting 18 21 18 21     4 Kim Gi-jung / Kim Sa-rang Angga Pratama / Ricky Karanda Suwardi 15 21 18 21     5 Jeon Hyeok-jin Ihsan Maulana Mustofa       tidak dimainkan

Malaysia  v  Denmark

20 Mei 2016 (2016-05-20) 19.00 UTC+8

Malaysia	2–3	Denmark
	Laporan

Pusat Olahraga Kunshan Lapangan 1, Kunshan

Rincian
1 2 3 1 Lee Chong Wei Viktor Axelsen 23 21 21 18     2 Goh V Shem / Tan Wee Kiong Mathias Boe / Mads Conrad-Petersen 21 18 21 18     3 Iskandar Zulkarnain Zainuddin Hans-Kristian Vittinghus 18 21 18 21     4 Koo Kien Keat / Tan Boon Heong Kim Astrup / Anders Skaarup Rasmussen 21 10 8 21 13 21   5 Chong Wei Feng Emil Holst 15 21 18 21

Indonesia  v  Denmark

22 Mei 2016 (2016-05-22) 13.00 UTC+8

Indonesia	2–3	Denmark
	Laporan

Pusat Olahraga Kunshan Lapangan 1, Kunshan

Rincian
1 2 3 1 Tommy Sugiarto Viktor Axelsen 17 21 18 21     2 Mohammad Ahsan / Hendra Setiawan Mads Conrad-Petersen / Mads Pieler Kolding 21 18 21 13     3 Anthony Sinisuka Ginting Jan Ø. Jørgensen 17 21 12 21     4 Angga Pratama / Ricky Karanda Suwardi Kim Astrup / Anders Skaarup Rasmussen 21 16 21 14     5 Ihsan Maulana Mustofa Hans-Kristian Vittinghus 15 21 7 21