Pada tanggal 21 Maret 2006, Kementerian Agama dan Kementerian Dalam Negeri Indonesia mengeluarkan peraturan bersama yang membahas mengenai pemeliharaan kerukunan umat beragama, Forum Kerukunan Umat Beragama, dan pendirian rumah ibadah. Peraturan ini dikeluarkan sebagai Peraturan Menteri Agama No. 9 Tahun 2006 dan Peraturan Menteri Dalam Negeri No. 8 Tahun 2006. Judul lengkap dari peraturan ini adalah Peraturan Bersama Menteri Agama dan Menteri Dalam Negeri tentang Pedoman Pelaksanaan Tugas Kepala Daerah/Wakil Kepala Daerah dalam Pemeliharaan Kerukunan Umat Beragama, Pemberdayaan Forum Kerukunan Umat Beragama dan Pendirian Rumah Ibadah. Adapun masyarakat luas mengenal aturan ini sebagai Surat Keputusan Bersama Dua Menteri, yang disingkat sebagai SKB 2 Menteri. Surat Keputusan Bersama 2 Menteri ini kemudian ditandatangani oleh Menteri Agama Muhammad Maftuh Basyuni dan Menteri Dalam Negeri Mohammad Ma'ruf.^[1]

Sebelum dikeluarkannya SKB 2 Menteri ini, aturan mengenai pembangunan rumah ibadah sudah pernah diatur oleh Surat Keputusan Bersama Nomor 1 pada tahun 1969.^[2] Aturan ini dikeluarkan setelah beberapa kali terjadi perusakan gereja sejak masa transisi ke Orde Baru dan sebagai hasil dari pelaksanaan Musyawarah Antar Agama pada tanggal 30 November 1967. Aturan ini ditandatangani oleh Muhammad Dahlan selaku Menteri Agama dan Amir Machmud selaku Menteri Dalam Negeri.^[3]

Dalam surat keputusan tersebut, pemerintah memberikan kewenangan kepada wali kota atau bupati dengan bantuan kementerian agama di wilayahnya untuk mengawasi kegiatan keagamaan dan tokoh agama di wilayah mereka supaya tidak mengganggu ketertiban umum. Adapun mengenai pembangunan rumah ibadah, peraturan tersebut tidak secara gamblang menjelaskan mengenai ketentuan dan proses yang dilakukan untuk mendirikan rumah ibadah, tetapi menyerahkan semua itu kepada pemerintah setempat. Hal ini diduga dirancang untuk memastikan pemerintah memiliki kewenangan tak terbatas untuk mengendalikan permohonan pembangunan rumah ibadah.^[4]

Diskusi mengenai SKB 2 Menteri kembali mencuat pasca-Reformasi dengan banyak yang mendorong untuk dilakukannya revisi. Kritik mengenai peraturan tersebut umumnya berpusat pada sifat aturan tersebut yang terkesan multitafsir dan tidak adanya partisipasi masyarakat dalam proses pembangunan rumah ibadah.^[3][5] Cendikiawan Dawam Rahardjo mengkritisi SKB 2 Menteri 1969 sebagai peraturan yang "sudah terbukti diskriminatif dan kriminogen dan berpotensi terjadi pelanggaran hak asasi manusia".^[6] Meski demikian, beberapa pihak, seperti Din Syamsuddin selaku Sekretaris Jenderal Majelis Ulama Indonesia, masih merasa bahwa SKB 2 Menteri tersebut masih relevan dan tidak diskriminatif.^[7]

Sebagai revisi dari peraturan tahun 1969, SKB 2 Menteri tahun 2006 mencakup panduan terkait pembangunan rumah ibadah dan menghilangkan istilah multitafsir.^[8] Pada pasal 13 disebutkan bahwa pembangunan rumah ibadah harus didasarkan pada "keperluan nyata" sesuai dengan jumlah umat beragama di tingkat kelurahan atau desa, dengan menjaga kerukunan umat beragama, tidak mengganggu ketertiban, serta mematuhi peraturan perundang-undangan. Adapun pada pasal 14 menyatakan persyaratan pembangunan rumah ibadah yang perlu dipenuhi adalah sebagai berikut.

• Daftar nama penduduk yang menggunakan rumah ibadah (dibuktikan dengan Kartu Tanda Penduduk) paling sedikit 90 orang.
• Dukungan masyarakat setempat sedikitnya 60 orang.
• Rekomendasi tertulis dari kantor departemen agama kabupaten/kota.
• Rekomendasi tertulis dari Forum Kerukunan Umat Beragama.

Sementara pada pasal 21 dinyatakan bahwa perselisihan terkait pembangunan rumah ibadah akan diselesaikan secara musyawarah atau diserahkan kepada pemerintah kabupaten/kota setempat atau melalui pengadilan.^[1][9]

Meski pemerintah Indonesia menyatakan bahwa SKB 2 Menteri dimaksudkan untuk mengurangi konflik antar agama, namun berbagai kalangan menganggap surat tersebut tidak konstitusional dan malah memicu naiknya konflik antar agama dan kemampuan agama mayoritas di suatu daerah untuk menekan agama lain.^[4] Selain itu, beberapa pihak mengklaim bahwa peraturan tersebut berpotensi membuka peluang untuk praktik korupsi.^[10] Sejumlah kasus terkait pembangunan rumah ibadah, seperti HKBP Filadelfia dan GKI Yasmin dinilai merupakan hasil dari diterapkannya peraturan ini.^[11]

Sesaat setelah disahkannya SKB 2 Menteri, Tim Pembela Kebebasan Beragama (TPKB) mengajukan gugatan mengenai peraturan tersebut pada tanggal 28 Maret. Menurut mereka, peraturan tersebut "melanggar Konstitusi, hukum hak asasi manusia, dan kebebasan beragama".^[12] Beberapa politisi seperti Grace Natalie^[1] dan Taufik Basari^[13] dan partai politik seperti Partai Demokrasi Indonesia Perjuangan mengusulkan untuk mencabut SKB 2 Menteri atau menggantinya dengan Undang-undang yang mengatur kerukunan umat beragama.^[14]

Sebagian kecil kalangan (termasuk yang berasal dari agama minoritas) menganggap bahwa SKB 2 Menteri lebih baik dari pada tidak ada keputusan sama sekali. Mereka menyatakan bahwa peraturan tersebut memberikan setidaknya satu argumen hukum dalam hak beragama bagi kaum minoritas untuk mendapatkan izin membangun rumah ibadah.^[15] Sementara itu, pemerintah mempertahankan SKB 2 Menteri dengan dasar perlindungan kerukunan beragama.^[13] Perlu dicatat bahwa dibanding keputusan sebelumnya yang lebih diterima masyarakat, keputusan pengganti tersebut lebih kontroversil dan menuai gugatan masyarakat.^[6]

• Isi Peraturan Bersama Menteri Agama dan Menteri Dalam Negeri tentang Pedoman Pelaksanaan Tugas Kepala Daerah/Wakil Kepala Daerah dalam Pemeliharaan Kerukunan Umat Beragama, Pemberdayaan Forum Kerukunan Umat Beragama, dan Pendirian Rumah Ibadat