Pendidikan di Kota Yogyakarta adalah penyelenggaraan pendidikan di Kota Yogyakarta yang mulai dirintis sejak tahun 1870 dalam masa Kesultanan Yogyakarta dalam kendali pemerintahan Hindia Belanda. Kegiatan pendidikan awal yang diadakan di Kota Yogyakarta bagi pribumi berupa pendidikan sekolah serta pendidikan membaca dan mengenal angka.^[1] Pada tahun 1988 M, Kota Yogyakarta salah satu daerah di Indonesia yang dipilih oleh Pemerintah Indonesia untuk menjadi lokasi awal pengadaan Madrasah Aliyah Program Khusus.^[2] Sejak tahun 2010, sekolah-sekolah pilihan yang mengadakan pendidikan di Kota Yogyakarta menerima bantuan operasional sekolah dari Kementerian Pendidikan Nasional Indonesia melalui program BOS-KITA yang didukung oleh Bank Dunia.^[3][4]

Penyelenggaraan pendidikan pertama kali dilakukan di Kota Yogyakarta setelah diberlakukannya Undang-Undang Agraria 1870 di wilayah Kesultanan Yogyakarta yang termasuk wilayah Hindia Belanda. Pendidikan diberikan kepada penduduk pribumi di dalam wilayah Kota Yogyakarta melalui pendirian sekolah. Tujuan pemberian pendidikan kepada pribumi adalah untuk menghasilkan lulusan yang terdidik untuk bekerja di perkebunan tebu dan perkebunan lain yang merupakan milik perusahaan asing di wilayah Kesultanan Yogyakarta. Biaya pelaksanaan pendidikan pada sekolah-sekolah yang didirikan ditanggung oleh para pengusaha. Selain pendidikan sekolah, setiap rumah tangga di dalam wilayah Kota Yogyakarta juga diberi pendidikan berupa pembelajaran membaca aksara Jawa dan pengenalan tentang angka.^[1]

Pada tahun 1988 M, Kota Yogyakarta bersama dengan seluruh daerah lain di Provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta menjadi salah satu daerah di Indonesia yang dipilih oleh Pemerintah Indonesia untuk menjadi lokasi awal pengadaan Madrasah Aliyah Program Khusus.^[2] Pembelajaran pada madrasah-madrasah yang mengadakan Madrasah Aliyah Program Khusus dilakukan dalam bahasa Arab dan bahasa Inggris dengan pengajaran oleh guru dan ustaz.^[5] Para siswa dari lulusan Madrasah Aliyah Program Khusus dipersiapkan secara khusus untuk menempuh pendidikan di institut agama Islam negeri yang ada di Indonesia.^[2]

Sekolah-sekolah yang mengadakan pendidikan di Kota Yogyakarta menerima bantuan operasional sekolah dari Kementerian Pendidikan Nasional Indonesia sejak tahun 2010.^[3][4] Pemberian bantuan operasional sekolah kepada sekolah-sekolah di Kota Yogyakarta merupakan perintisan dari program BOS-KITA yang didukung oleh Bank Dunia. BOS-KITA memiliki kepanjangan nama yaitu Bantuan Operasional Sekolah – Knowledge Improvement through Transparency and Accountability. Dalam program BOS-KITA. semua sekolah yang menjadi penerimanya akan diberikan dana per kuartal untuk memenuhi keperluan operasional sekolah.^[4] Besaran dana yang diberikan kepada tiap sekolah yang terpilih dalam program BOS-KITA di Kota Yogyakarta disesuaikan dengan jumlah murid yang ada pada tiap sekolah.^[3][4]

• Bank Dunia (November 2010). "Sekilas Pendidikan: Mendukung Program Bantuan Operasional Sekolah (BOS)" (PDF). Bank Dunia. Kantor Bank Dunia di Jakarta. Diakses tanggal 8 November 2025. Pemeliharaan CS1: Ref menduplikasi bawaan (link)