Musim kedua dari seri anime FLCL, berjudul FLCL Progressive,^[a] diproduksi oleh Production I.G, Toho, dan divisi produksi Adult Swim milik Williams Street.^[1][2] Progressive disutradarai kepala oleh Katsuyuki Motohiro, dengan naskah oleh Hideto Iwai. Seri ini awalnya tayang pada 3 Juni hingga 7 Juli 2018 di Amerika Serikat melalui blok program Toonami milik Adult Swim. Di Jepang, Progressive mendapat penayangan teatrikal sebagai film kompilasi, yang mulai diputar pada 28 September 2018.^[3] Selain menyediakan sejumlah lagu untuk musim ini, the Pillows membawakan lagu tema penutup "Spiky Seeds".

Pada musim ini, Haruko kembali ke Bumi beberapa tahun setelah upaya gagal untuk menahan Atomsk, meskipun ia sempat berhasil menyerapnya. Dengan menyamar sebagai wali kelas sekolah menengah pertama, Haruko menargetkan seorang gadis berusia 14 tahun bernama Hidomi Hibajiri melalui teman sekelasnya sekaligus calon ketertarikan romantisnya, Ko Ide.