Ini adalah daftar sungai di Uganda yang sangat singkat.^[1] Daftar ini disusun berdasarkan daerah aliran sungai, dengan anak sungai yang bersangkutan diindeks di bawah nama sungai yang lebih besar.

• Sungai Nil
  • Sungai Nil Putih (Bahr al Jabal) (Albert Nil)
    • Sungai Kidepo

      • 

        Sungai Narus
    • Sungai Achwa
      • Sungai Pager
    • Sungai Ora
      • Sungai Nyagak
    • Sungai Nil Victoria
      • Sungai Kafu (Sungai Kabi) - juga terhubung ke Sungai Nkusi
        • Sungai Lugogo
        • Sungai Mayanja
      • Danau Kyoga
        • Sungai Sezibwa
          • Sungai Lwajjali
      • Danau Bisina
        • Sungai Okok
      • Danau Victoria
        • Sungai Katonga - juga menghubungkan ke Danau Edward, Danau George (Uganda) dan Sungai Semliki melalui Saluran Kazinga
        • Sungai Mpaga
        • Sungai Dura
        • Sungai Kibiimba
        • Sungai Kagera
    • Danau Albert (Afrika) Danau Albert
      • Sungai Nkusi
      • Sungai Muzizi
      • Sungai Semliki
        • Sungai Lamia
        • Danau Edward dan Danau George (Uganda)
          • Sungai Ishasha
• Sungai Turkwel (Kenya)
  • Sungai Suam

• Central Intelligence Agency 2005
• United Nations 2003
• GEOnet Names Server