Prajurit android YoRHa 2B dikirim dalam misi untuk menghancurkan makhluk hidup Mesin kelas Goliath. Namun, sisa unitnya dihancurkan dalam perjalanan, meninggalkan dia satu-satunya yang selamat. Mendarat di pabrik yang terbengkalai, 2B berjuang melewati beberapa mesin sebelum bertemu dengan 9S, android lain yang berspesialisasi dalam pengintaian dan peperangan elektronik. Mereka berdua mengintai pabrik untuk mencari Goliath sampai diaktifkan sebagai Mesin berukuran bangunan besar. 9S mencoba meretas Goliath tetapi rusak parah dalam prosesnya. Marah, 2B menghancurkan Goliat tetapi terdampar di atas sisa-sisanya dengan 9S karena mereka dikelilingi oleh tiga Goliat lagi. Menyadari tidak ada kesempatan untuk melarikan diri, 2B dan 9S menghancurkan kotak hitam mereka sendiri, menghancurkan Goliath dan pabrik bersama dengan diri mereka sendiri. Beberapa waktu kemudian, 2B dihidupkan kembali di badan baru di markas orbit YoRHa, Bunker, datanya telah dicadangkan tepat sebelum kehancurannya. Dia bersatu kembali dengan 9S, dan mengetahui dengan cemas bahwa 9S memprioritaskan mencadangkan datanya terlebih dahulu, jadi dia kehilangan semua ingatannya tak lama setelah mereka pertama kali bertemu.

---

Alternate Ending: Saat 9S menjelaskan cara kerja kotak hitam, 2B secara tidak sengaja menyentuhkan kotak hitamnya ke kotak hitamnya, memicu reaksi berantai yang menghancurkan Bunker. (Mirip dengan Ending U: deb[U]nked^[14])

Dewan Kemanusiaan berbicara kepada YoRHa dengan pidato yang menjelaskan bahwa Alien menginvasi Bumi dengan pasukan Makhluk Hidup Mesin pada tahun 5012, memaksa sisa-sisa umat manusia untuk mundur ke Bulan dan membangun pasukan android dalam bentuk Perlawanan di Bumi dan YoRHa di luar angkasa dengan tujuan untuk merebut kembali planet ini. Sementara itu di Bumi, sebuah Mesin yang diberi nama PLAO8 mulai mengembangkan kecerdasan dan alih-alih menyerang Perlawanan, ia memutuskan untuk belajar menanam bunga. 2B dan 9S ditugaskan untuk pergi ke Bumi untuk menyelidiki mengapa hubungan YoRHa dengan Perlawanan menjadi sunyi. Perlawanan mengirim tim yang dipimpin oleh pejuang Lily untuk memulihkan persediaan, hanya untuk disergap oleh pasukan Mesin. Lily dan timnya yang masih hidup memancing para Mesin ke jembatan jebakan sementara PLAO8 berusaha menghentikan agar tidak menginjak-injak bunganya. 2B dan 9S kemudian tiba dan menghancurkan jembatan dan para Machines, dengan PLAO8 hancur dalam baku tembak. Di tempat lain, lebih banyak Machines mulai membaca buku-buku lama yang ditinggalkan oleh umat manusia ketika sebuah struktur seperti kepompong yang tidak menyenangkan sedang dibangun.

---

Alternate Ending: 2B dan 9S menerima kartu pos dari Yoko Taro yang menanyakan tentang tujuan chip OS mereka. Karena penasaran, 2B menghapus chip OS-nya sendiri, dan secara tidak sengaja membunuh dirinya sendiri. (Mirip dengan Ending T^[14]).

2B dan 9S dipandu ke Kamp Perlawanan, di mana Lily mengungkapkan bahwa dia adalah pemimpin keseluruhan Perlawanan. Di Bunker, terungkap bahwa 2B dan 9S tidak dikirim ke Bumi untuk membantu Perlawanan, tetapi untuk menyelidiki perilaku misterius para Mesin, dan YoRHa berniat menggunakan Perlawanan sebagai bidak tumbal. Kembali ke Bumi, 2B dan 9S berarti pejuang Perlawanan lainnya, Jackass, yang memberi tahu mereka tentang Mesin yang berperilaku aneh di padang pasir terdekat. 2B dan 9S meminta Jackass memandu mereka ke gurun, di mana mereka disergap oleh patroli Mesin. 9S meretas salah satu Mesin dan menyaksikan sebuah penglihatan tentang peradaban gurun Nier kuno yang ditiru oleh para Mesin. 2B menghancurkan para Mesin, dan kelompok itu mengejar Mesin lain yang memutuskan untuk melarikan diri. Di sepanjang jalan, mereka menemukan mayat penghubung YoRHa, serta sinyal gangguan misterius. 2B dan 9S melacak sinyal tersebut, tetapi secara tidak sengaja jatuh ke ruang bawah tanah di mana mereka menemukan kepompong besar yang terbuat dari tubuh Machine. Kepompong itu kemudian mengeluarkan Machine yang mirip manusia yang dengan cepat dibunuh oleh para android untuk menghentikannya berevolusi, tetapi Machine kedua yang mirip manusia muncul dari tubuh Machine dan menyerang keduanya, menyebabkan ruangan itu runtuh.

---

Alternate Ending: 2B dan 9S memutuskan untuk menunggangi babi hutan dan rusa untuk bersenang-senang, tetapi 2B kehilangan kendali atas babi hutan dan tanpa sengaja menabrak pasukan YoRHa. Dengan hancurnya pasukan YorHa, Bumi menjadi "surga" bagi para Machines. (Mirip dengan Ending W^[14]).

Para Machines diperlihatkan mendapatkan lebih banyak kecerdasan saat mereka semakin meniru perilaku manusia. Di kamp Resistance, 2B dan 9S menanyai Lily dan Jackass tentang Mesin yang mirip manusia yang mereka temui, yang dijuluki YoRHa sebagai "Adam" dan "Eve". Jackass merenungkan kemungkinan untuk berdamai dengan para Mesin, tetapi 9S dengan tegas menolak ide tersebut. 2B dan 9S kemudian diperintahkan untuk menyelidiki taman hiburan terdekat untuk menyelidiki hilangnya seorang tentara android. Yang mengejutkan, mereka menemukan bahwa para Mesin di sana tidak memusuhi, dan masuk ke dalam sebuah teater. Di sana, mereka bertemu dengan sebuah Machines canggih yang disebut Songstress yang menyerang mereka saat melihatnya. 9S berusaha meretas Songstress dan berhasil melihat sekilas ingatannya, di mana dia jatuh cinta dengan Machines lain dan terobsesi untuk membuat dirinya terlihat cantik, mengubahnya menjadi mesin mengerikan seperti sekarang. 2B berhasil mengungkap inti dari Songstress dan menghancurkannya. 9S dengan dingin menyatakan bahwa Machines tidak dapat merasakan emosi dan kemudian menghancurkan sepasang Machine tanpa kekerasan, yang membuat 2B khawatir.

---

Alternate Ending: Komandan mulai memerintah bawahannya untuk membuat Bunker bekerja dengan efisiensi penuh, menyebabkan banyak dari mereka meninggalkannya. Dengan jumlah mereka yang terus berkurang, YorHA akhirnya kalah dalam perang melawan Mesin dan semua android dimusnahkan. (Mirip dengan Ending O: just y[O]u and me^[14]).

Adam dan Eve diperlihatkan terus mendapatkan kecerdasan saat Adam dengan penuh semangat membaca buku-buku manusia lama. 2B dan 9S diberi misi oleh Lily untuk mengantarkan pasokan ke sebuah desa makhluk hidup Machine yang telah berkembang menjadi komunitas yang damai dan bersedia berdagang dengan Resistance. Mereka menuju ke desa tersebut dan bertemu dengan pemimpinnya, Pascal, yang menjelaskan bahwa dia dan Machine lainnya di desa tersebut telah memisahkan diri dari jaringan Machine dan sekarang hidup dengan damai. 2B dan 9S tertarik dengan bagaimana para Machines mampu membentuk masyarakat yang fungsional dan mirip manusia. Mereka kemudian menjelajahi ruang bawah tanah di bawah desa, di mana mereka menemukan kepala Emil. 9S mencoba meretasnya dan menangkap sekilas ingatan Emil, dan menyimpulkan bahwa kepala Emil adalah salah satu dari sekian banyak senjata robotik yang dikembangkan oleh manusia untuk melawan Machines. Pascal menjelaskan bahwa penduduk desa memuja kepala Emil, karena itulah yang memicu keinginan mereka untuk mempertahankan diri dan perdamaian. Namun, 9S tetap bertentangan dengan gagasan bahwa Machines dapat tumbuh melampaui pemrograman mereka. Sementara itu, Adam dan Eve terus mendapatkan lebih banyak pengetahuan, dan Adam meyakinkan Eve untuk menyebutnya sebagai kakak.

---

Alternate Ending: 2B dan 9S menunjukkan fitur penghancuran diri mereka, yang hanya merusak pakaian mereka. Namun, Emil mengamati hal ini dan memutuskan untuk meniru mereka, meledakkan reaktor fusi dan menghancurkan planet ini dalam prosesnya. (Mirip dengan Ending Y: head[Y] battle^[14]).

2B, 9S, dan Lily pergi untuk menyiapkan jaringan deteksi dini Mesin. Sementara 9S pergi untuk memecahkan masalah sistem, Lily memberi tahu 2B tentang bagaimana Perlawanan pertama kali bertemu YoRHa. Setelah operasi pendaratan yang gagal hanya menyisakan empat android YoRHa yang masih hidup, dipimpin oleh model No. 2 yang mirip dengan 2B, mereka meminta bantuan kepada Resistance. Pihak Resistance, yang saat itu tidak mengetahui keberadaan YoRHA, tidak memercayai mereka, tetapi pemimpin mereka, Rose, setuju untuk bekerja sama. Kelompok gabungan tersebut kemudian menuju lokasi server Machine untuk menghancurkannya. Di tengah perjalanan, Lily terinfeksi oleh virus logika Machine, yang tidak dapat disembuhkan oleh Resistance. No. 2 turun tangan dan meyakinkan tim untuk menaklukkan Lily dan pasukan YoRHa menggunakan vaksin untuk menyembuhkannya. Tim kemudian melanjutkan perjalanan ke server, hanya untuk diserang oleh pasukan Machine yang sangat besar. Sementara server berhasil dihancurkan, mematikan Machine di area tersebut, Lily ditinggalkan sebagai satu-satunya yang selamat, meninggalkan dendam terhadap YoRHA karena menolak mengirim bala bantuan. 2B kemudian bertanya kepada Lily apakah ada kemungkinan ada anggota tim yang selamat dari misi tersebut, tetapi Lily mengungkapkan keraguannya. Di tempat lain, terungkap bahwa No. 2 masih hidup dan melawan Machines sendirian.

---

Alternate Ending: Adam dan Eve memutuskan untuk mencoba mengenakan seragam sekolah seperti manusia pada umumnya. Namun, ketika Eve mulai mengganggu Adam, Adam memutuskan untuk pergi memancing. (Mirip dengan Ending L: [L]one Wolf^[14]).

Adam dan Eve terus menambah pengetahuan hingga Adam memutuskan untuk mengunjungi "Taman Bermain". Sementara itu, 2B dan 9S tetap siaga karena mereka belum diberi perintah baru. Pascal kemudian mendekati mereka, meminta mereka untuk membantu menyelamatkan seorang penduduk desa yang hilang dan mengembara ke Kerajaan Hutan, sebuah bangsa yang sama-sama independen tetapi sangat bermusuhan dengan Machine. 2B dan 9S setuju untuk menyelidiki dan melakukan perjalanan ke Kerajaan Hutan bersama Pascal, di mana mereka menemukan semua penghuninya dibantai oleh penyerang tak dikenal. Menjelajahi kastil lebih lanjut, kelompok ini mengetahui bahwa raja asli Kerajaan Hutan telah meninggal lebih dari seabad yang lalu, dan para pengikutnya meneruskan warisannya dengan memindahkan ingatannya ke dalam mesin bayi yang mereka lindungi hingga hari ini. Mereka dapat menemukan penduduk desa yang hilang yang bersembunyi dengan seorang prajurit Kerajaan Hutan yang masih hidup, dan mereka berdua memutuskan untuk menikah, membingungkan 9S. Kelompok ini kemudian menuju ke Raja Hutan yang masih bayi, tetapi terlambat untuk mencegahnya dibunuh oleh No. 2, yang sekarang diidentifikasi sebagai android buronan A2. 2B dan A2 bertarung sebentar hingga pedang A2 patah dan dia memutuskan untuk mundur. 9S bertanya kepada A2 mengapa dia mengkhianati YoRHa, tetapi A2 menjawab bahwa YoRHa-lah yang mengkhianatinya sebelum dia pergi.

---

Alternate Ending: Pascal sedang memberikan pelajaran kepada kelas anak-anak Machine sampai A2 tiba-tiba datang dan membunuhnya. Dengan kematian Pascal, para pengikutnya mengamuk dan menghancurkan semua android di Bumi. (Mirip dengan Ending Z: over[Z]ealous^[14]).

Komandan menugaskan 2B dan 9S untuk melacak dan menghabisi A2, tetapi tidak mau memberi tahu mereka apa yang menyebabkan dia mengkhianati YoRHa. Mereka mencoba mendapatkan lebih banyak informasi dengan menanyai para anggota Perlawanan. Lily mengenali A2 sebagai No. 2, tetapi menyembunyikan fakta itu dari 2B dan 9S, dan malah mengatakan kepada mereka bahwa dia tidak tahu di mana A2 berada. Keduanya kemudian menuju reruntuhan pantai untuk menemukan Jackass. Setelah diskusi singkat tentang perilaku manusia yang sering dianggap tidak perlu, 2B menemukan bunga Air Mata Bulan dan memakainya di dadanya atas saran Operator 6O. 2B dan 9S kemudian berpisah. 2B menemukan Jackass sedang memancing dan menanyainya. Jackass mengungkapkan bahwa dia tidak tahu apa-apa tentang A2 selain bahwa dia dulunya adalah orang nomor 2, yang sudah diketahui oleh 2B. 2B mencoba menghubungi 9S tetapi khawatir ketika dia menemukan sinyalnya macet. Sementara itu, 9S meretas sistem Bunker untuk mencoba mencari lebih banyak informasi tentang A2, tetapi terpaksa memutuskan sambungan ketika penyusupannya diketahui. Dia kemudian mengejar apa yang dia pikir adalah A2 sampai dia berakhir di ruang surealis dan diserang oleh entitas yang tidak dikenal. Di tempat lain, Eve mencari Adam tetapi terkejut ketika dia tidak dapat mendeteksinya di jaringan Machine.

---

Alternate Ending: 2B menerima surat yang menanyakan bagaimana bangunan-bangunan masih berdiri meskipun manusia telah meninggalkan Bumi ribuan tahun yang lalu, dan apa yang dia lakukan di waktu luangnya. 2B menjawab bahwa para android berusaha membangun kembali kota-kota sebagai persiapan kembalinya umat manusia, hanya untuk dihancurkan lagi oleh mesin. Dia juga menjelaskan bahwa dia menghabiskan waktu luangnya dengan memancing, dan tergoda untuk memakan ikan, yang kemudian membunuhnya. (Mirip dengan Ending K:aji wo [K]utta^[14]).

9S mendapati dirinya terperangkap di dunia maya oleh Adam, yang kemudian menangkap dan menyiksanya. 2B mencari 9S dan menemukan koordinat yang mengarah ke instalasi bawah tanah. Dia meminta bantuan dari Bunker, tetapi Komandan menolak untuk mengirim bala bantuan. 2B tetap melanjutkan perjalanan dan menemukan replika kota manusia yang dibuat oleh Machine. Di dalamnya, dia menemukan Adam yang menjadi tawanan 9S. Adam mengungkapkan bahwa Mesin telah berevolusi sejak mereka datang ke Bumi dan menjadi terpesona dengan umat manusia, sampai-sampai mereka memberontak dan memusnahkan tuan alien mereka berabad-abad yang lalu. Dia juga mengklaim bahwa Umat Manusia telah lama punah. Untuk menjadi lebih dekat dengan manusia, Adam telah memutuskan hubungannya dengan jaringan Mesin sehingga dia dapat mengalami kematian manusia dan menyerang 2B. 2B mengulur waktu yang cukup bagi dia dan Pod 9S untuk meretas Adam, menetralkan kekuatannya. Eve menerima pukulan mematikan dari 2B yang ditujukan untuk Adam, dan 2B menarik diri dengan 9S saat instalasi runtuh dan Eve mati dalam pelukan Adam.

---

Alternate Ending: 2B dan 9S datang dengan ide kaos, tetapi hal itu menyita banyak waktu mereka sehingga mereka meninggalkan misi mereka, meninggalkan Bumi pada belas kasihan Machines.

Setelah kehancuran Eve, tubuh 9S dikirim kembali ke Bunker untuk diperbaiki sementara Komandan memerintahkan 2B untuk menghabisi Adam. 2B menuju ke lokasi terakhir Adam yang diketahui, yaitu sebuah pabrik yang ditempati oleh para Machines yang telah membentuk sekte agama yang damai. 2B dituntun masuk lebih dalam ke dalam pabrik untuk bertemu dengan pemimpin mereka, tetapi ternyata itu adalah jebakan yang dibuat oleh Adam, yang menggunakan otoritasnya atas jaringan Machine untuk mengubah kultus tersebut menjadi musuh 2B. Saat 2B mencoba melarikan diri, dia bertemu dengan Machine yang dikendalikan dari jarak jauh oleh 9S, yang berjanji untuk membantunya. 9S mematikan catu daya pabrik, memungkinkan 2B untuk mengalahkan Machine besar yang menghalanginya sementara Machine lainnya melakukan bunuh diri massal dalam semangat religius mereka. Sementara itu, pengaruh Adam menyebabkan lebih banyak Machines mengamuk saat mereka mulai menyerang semua yang terlihat. 2B kemudian menerima panggilan darurat dari Lily yang meminta dukungan di kamp Resistance.

---

Alternate Ending: 9S bertemu dengan robot pemelihara Devola dan Popola dan mulai meminum alkohol mawar gurun. Devola dan Popola kemudian diserang oleh segerombolan Mesin, tetapi 9S terlalu mabuk untuk menolong mereka, yang mengakibatkan kematian ketiganya.

Saat pasukan Resistance dan YoRHa di seluruh wilayah diserang, 2B mencapai kamp Resistance dan bergabung dengan para penyintas. Di Bunker, Komandan mengajukan permohonan penggunaan meriam laser satelit YoRHa untuk membantu dalam pertempuran, tetapi dia dihalangi oleh Dewan Kemanusiaan yang menyatakan bahwa campur tangan dalam pertempuran tidak sejalan dengan tujuan mereka untuk mencapai Tuhan melalui "Proses 11". Dengan bantuan dari 2B dan 9S yang baru saja tiba, Resistance mampu menghentikan pasukan Machine dengan menggunakan EMP area luas. Namun, Machine kemudian diserap oleh Adam yang mengamuk untuk menciptakan monster Machine yang sangat besar. Dengan bantuan Pascal, 9S mampu meretas pikiran Adam dan menjebaknya ke dalam jebakan, meski juga menyaksikan kesedihan Adam atas kematian Eve. Di dunia nyata, Perlawanan memasang jebakan mereka, menghancurkan Adam dengan rudal raksasa. Namun, Adam selamat dan bergerak untuk menyerang semua orang sebelum benar-benar dihancurkan oleh sinar laser yang sangat besar.

---

Alternate Ending: 2B dan 9S menunjukkan kasih sayang kepada Pod mereka, yang menyadari bahwa mereka mungkin menjadi sadar diri dan "hidup".

Komandan tidak mematuhi perintah dan menggunakan meriam laser satelit Bunker untuk menghancurkan Adam. Namun, Pod masih mendeteksi sinyal Adam di kawah tabrakan, sehingga 2B dan 9S turun untuk menghabisinya. Ketika mereka menemukan Adam, dia sudah terluka parah dan 2B dan 9S menghabisinya. Adam menerima kematiannya, menganggapnya sebagai cara untuk bersatu kembali dengan Eve. Dengan kematian Adam, Machine di area tersebut mati, mengakhiri serangan mereka. Sayangnya, 9S terinfeksi virus logika karena meretas Adam, dan 2B terpaksa membunuhnya dengan belas kasihan dan hancur atas kematiannya. Namun, 9S berhasil menyelamatkan diri dengan memindahkan kesadarannya ke Machine di dekatnya.

Dalam adegan post credit, selama perbaikan di Bunker, 9S terhubung dengan server Bunker. Merasakan adanya anomali, 9S mencegah dirinya dan data 2B agar tidak tersinkronisasi dengan server Bunker. Saat dia menyelidiki, dia secara tidak sengaja memicu sistem pertahanan server dan dia bertemu dengan gadis kembar yang mengenakan gaun merah, yang mengklaim bahwa mereka mengamati para android dan membantu 9S menemukan kebenaran tentang Project YoRHa. Dia mengetahui bahwa Umat Manusia telah lama punah, dan bahwa Proyek YoRHa diciptakan untuk meningkatkan moral android dengan menipu mereka agar percaya bahwa manusia masih hidup di Bulan. 9S kemudian terbangun dan menanggapi permintaan bantuan dari 2B karena dia diam-diam diamati oleh gadis bergaun merah.

2B dan 9S kembali dipasangkan untuk misi pengintaian, tetapi 9S bersikeras agar mereka membantu seorang prajurit Perlawanan mencari teman yang hilang, yang ternyata adalah android YoRHa. Mereka berhasil menemukan mayat prajurit YoRHa tersebut, dan prajurit Perlawanan itu memulihkan ingatannya, mengungkapkan bahwa dia adalah android tipe E "Eksekutor" yang dirancang untuk membunuh android lain yang dicurigai mengkhianati YoRHa. Merasa bersalah atas banyaknya android yang telah dia bunuh, sang eksekutor secara sukarela melompat dari tepi gedung hingga tewas. 2B dan 9S melanjutkan misi pengintaian mereka ke sebuah kuil terdekat, di mana 2B membatalkan misi sebelum 9S menemukan mayat android yang identik dengannya. Kemudian, di sebuah mal, pasangan itu menghancurkan sebuah mesin dan bertemu dengan kepala Emil yang melarikan diri saat mereka mempertimbangkan untuk menyerangnya. 2B tiba-tiba menyerang dan membunuh 9S, mengungkapkan bahwa penunjukan aslinya adalah 2E, unit eksekutor juga. Di Bunker, Komandan, yang memerintahkan 2B untuk membunuh 9S karena meretas Bunker, berharap ini akan menjadi kali terakhir 2B harus membunuhnya, mengungkapkan bahwa dia telah membunuh 9S berkali-kali di masa lalu. Komandan kemudian keluar dari rekaman peristiwa, menunjukkan bahwa peristiwa episode ini adalah kilas balik yang juga terjadi di masa lalu. Di masa kini, Komandan kemudian mengorganisir pasukan YoRHa untuk persiapan serangan akhir mereka melawan mesin-mesin.

---

Alternate Ending: 9S berusaha membuat 2B memanggilnya "Nines", tetapi terus terganggu oleh mesin-mesin hingga ia kehilangan kesabaran dan menghancurkan semuanya, sehingga mencegah tercapainya perdamaian antara kedua belah pihak.

Dengan terungkapnya bahwa Alien beserta Adam dan Hawa telah mati, meninggalkan mesin-mesin dalam kekacauan, YoRHa melancarkan serangan besar-besaran terhadap mesin-mesin untuk merebut kembali Bumi. Komandan diizinkan menggunakan seluruh kekuatan arsenal YoRHa serta meminjamkan senjata canggih kepada Pasukan Perlawanan. Sementara itu, 9S, yang kini ditugaskan tanpa 2B, memimpin android-android Scanner lainnya dalam serangan hacking massal terhadap mesin-mesin, mendukung unit tempur YoRHa dan pasukan Perlawanan yang bertempur melawan mesin-mesin. Pertempuran awalnya berjalan lancar dengan YoRHa dengan cepat menguasai situasi. Namun, saat gadis-gadis berpakaian merah mengamati Bunker, semua android YoRHa tiba-tiba terkena serangan hacking massal yang membuat mereka mulai membunuh satu sama lain. Melihat operasi tersebut gagal, Resistance memutuskan untuk mundur kembali ke markas mereka sementara 9S berusaha menyelidiki penyebab serangan peretasan massal dan mengapa dia tampaknya hanya terkena dampak ringan. Dia menemukan bahwa android-android YorHa terinfeksi karena pintu belakang yang dipasang secara rahasia di setiap port sinkronisasi data android, dengan 9S terhindar karena dia lupa menyinkronkan datanya dengan Bunker. Setelah mengetahui hal ini, dia menyadari bahwa 2B berada dalam bahaya.

---

Alternate Ending: 2B dan 9S menemukan sebuah koloseum di mana mesin-mesin sedang bertarung dan mengalahkan mereka. Namun, kemenangan mereka menarik perhatian "presiden" dan "mantan presiden", yang dengan mudah mengalahkan YoRHa hingga hampir punah.

Saat 2B bertarung melawan mesin-mesin, ia teringat bahwa kepemimpinan YoRHa sudah mengetahui bahwa umat manusia telah punah jauh sebelum alien dan mesin-mesin tiba di Bumi, namun mereka menyembunyikan fakta tersebut agar android-android yang ditinggalkan oleh umat manusia tidak kehilangan semangat atau tujuan. Namun, android-android Scanner, terutama 9S, selalu akan menemukan kebenaran, sehingga android-android Eksekutor seperti 2B harus secara rutin membunuh mereka dan memodifikasi ingatan mereka. 2B berharap bahwa dengan mesin-mesin dihancurkan, dia tidak perlu lagi membunuh 9S. Namun, ketika YoRHa menjadi korban virus, 2B dan 9S terjebak oleh mesin-mesin dan android YoRHa yang diretas. Mereka berhasil mengunggah diri mereka kembali ke Bunker, tetapi dengan kekecewaan menemukan bahwa Bunker juga telah menjadi korban virus dan akan meledak sendiri. Komandan, yang juga terinfeksi, memerintahkan 2B dan 9S untuk dievakuasi dan bertahan hidup di Bumi. Saat 2B dan 9S kembali ke Bumi, Bunker meledak dan A2 menyaksikan puing-puingnya jatuh melalui atmosfer.

---

Alternate Ending: 9S dan 2B bersembunyi di dalam loker untuk mencoba melarikan diri dari android YoRHa yang terinfeksi, namun 9S menyadari bahwa dia secara tidak sengaja menyelamatkan 3B sebaliknya. Sementara itu, 2B yang telah terinfeksi virus berkeliaran di reruntuhan Bumi hingga kekuatannya habis.

Saat 2B dan 9S kembali ke Bumi, mereka diserang oleh sekelompok android terinfeksi dan terpisah sebelum mendarat darurat. 2B mengalami kerusakan parah pada tubuhnya dan menyadari bahwa dia telah terinfeksi virus lagi. Untuk menghindari menulari 9S, dia memutuskan untuk menjauh sejauh mungkin darinya. 9S sementara itu berusaha untuk bersatu kembali dengan 2B, tetapi terhalang oleh mesin-mesin yang menghalangi jalannya. Selama perjalanan masing-masing, 2B bertanya-tanya mengapa ia diprogram untuk merasakan emosi saat ia harus menekannya untuk menjalankan misinya, menyesali semua kali ia harus membunuh 9S. 9S, di sisi lain, menyadari bahwa ia jatuh cinta pada 2B. Saat infeksi 2B mencapai tingkat kritis, dia bertemu dengan A2. 2B mewariskan pedangnya kepada A2, yang juga mentransfer semua kenangannya. A2 kemudian menusuk 2B secara fatal untuk mencegah dia diambil alih oleh virus dan memotong rambutnya pendek lagi. 9S tiba tepat waktu untuk menyaksikan A2 membunuh 2B, dan salah paham dengan situasi tersebut, bersumpah untuk membalas dendam padanya. Kedua android tersebut kemudian terpisah ketika menara raksasa tiba-tiba muncul dari tanah. Pod 2B kemudian memutuskan untuk mengikuti A2 dan mulai memperbaiki kenangan-kenangan yang rusak.

---

Alternate Ending: 9S bermain petak umpet dengan 2B, tetapi tidak berhasil menemukannya. Dia menghabiskan beberapa dekade berikutnya untuk mencarinya, tetapi 2B tidak pernah terlihat lagi.

Pod 2B melanjutkan proses menghidupkan kembali A2 yang pingsan, memperbaiki memori-memori yang rusak dalam prosesnya, dan memicu kilas balik ke misi pertamanya sebagai No. 2. Setelah kapten pasukannya tewas saat tiba di Bumi, A2 terpaksa mengambil alih komando sisa pasukan, bersikeras membawa android-android yang terluka bersama mereka. Namun, android-android terluka akhirnya tewas karena luka-lukanya, dan tim tersebut akhirnya bertemu dengan tim Perlawanan Rose dan Lily. A2 berhasil meyakinkan mereka untuk bergabung dan menghancurkan server mesin lokal. Selama perjalanan, A2 dan Rose membahas kesulitan dan tekanan menjadi seorang pemimpin. Saat A2 dan sisa-sisa tim sekutu menerobos masuk ke ruang server, mesin-mesin memberitahu mereka bahwa YoRHa secara sengaja mengirim tim-tim seperti mereka ke misi bunuh diri untuk mendapatkan data pertempuran untuk model android masa depan. Rose dan android-android yang tersisa kemudian mengorbankan diri mereka untuk menghancurkan server, meninggalkan A2 dan Lily sebagai satu-satunya yang selamat. Di masa kini, A2 terbangun di bawah perawatan Pascal sebelum pingsan lagi, mengenang kembali kenangan yang dia hapus secara sukarela di mana dia berjanji kepada Lily bahwa kedua tim mereka akan selalu bersama.

---

Alternate Ending: Lily dan Jackass menyesali kehancuran YoRHa dan secara tidak sengaja meminum alkohol yang terkontaminasi, sehingga terinfeksi virus dan menghancurkan sebuah desa mesin-mesin yang damai.

A2 pulih kesadarannya dan awalnya waspada terhadap Pascal dan desa mesinnya karena rasa curiga dan bencinya terhadap mesin-mesin. Namun, Pod 042 meyakinkannya bahwa dia aman dan menyatakan bahwa 2B memerintahkannya untuk membantu A2. Meskipun benci terhadap mesin, A2 memutuskan untuk membiarkan desa Pascal dan mencoba pergi, tetapi fungsi motornya gagal akibat kerusakan pada filter bahan bakarnya. A2 terpaksa tinggal di desa untuk sementara waktu dan berinteraksi dengan anak-anak mesin desa, mengembangkan rasa sayang terhadap mereka. Lily kemudian tiba, bertemu kembali dengan A2 untuk pertama kalinya sejak mereka terpisah dalam misi pertama mereka. Sementara itu, 9S bangun di kamp Perlawanan, telah dirawat oleh android medis Devola dan Popola. 9S meninggalkan kamp sendirian saat Lily membawa A2 untuk memperbaiki filter bahan bakarnya. Lily lalu berfikir bahwa meskipun A2 memiliki tampilan yang tangguh, dia tetap sama penyayangnya seperti saat dia masih No. 2. Di tempat lain, masih dalam kesedihan atas kematian 2B, 9S bersumpah untuk membalas dendam pada mesin-mesin dan A2.

---

Alternate Ending: Pascal berusaha mengajarkan anak-anak mesin tentang rahasia yang disimpan oleh mesin penjual otomatis yang tersebar di seluruh kota. Untuk melindungi rahasia YoRHa, A2 mulai menghancurkan semua mesin penjual otomatis tersebut.

9S mencoba memasuki Menara Mesin yang baru dibangun, tetapi tidak dapat menembus pintu masuknya. Ia kemudian diserang oleh Operator 21O, tetapi meskipun terinfeksi virus, ia enggan menyakiti 9S dan memilih bunuh diri. Di detik-detik terakhirnya, ia meneruskan data tentang menara tersebut, mengungkapkan bahwa menara itu ditenagai oleh tiga sub-unit, dan penghancuran sub-unit tersebut akan membuat menara itu tak berdaya. Dengan pengetahuan ini, 9S menuju sub-unit terdekat. Sementara itu, A2 kembali ke desa Pascal untuk mengambil persediaan untuk Perlawanan hingga Pod 042 memperingatkan mereka tentang pasukan Machines musuh yang mendekat. Pascal pergi untuk mengambil senjata tambahan sementara A2 bersiap untuk mempertahankan desa. Di pantai, 9S memasuki sub-unit pertama, "Meat Locker", dan dalam amarahnya, membantai semua Mesin di dalamnya meskipun mereka tidak bermusuhan. Inti dari Meat Locker hancur, tetapi 9S tetap diliputi amarah.

---

Alternate Ending: Devola dan Popola berusaha membuat 9S mendengarkan "Lagu Para Leluhur", tetapi dia mengabaikan mereka. Mereka kemudian menyelenggarakan episode ke-666 dari "Automata Shopping", tetapi tanpa bantuan 9S, mereka diserang dan dibunuh oleh Machines.

Mesin-mesin pemberontak menyerang gerbang desa, dan meskipun A2 dan penduduk desa berusaha sekuat tenaga, gerbang tersebut berhasil ditembus. Pascal kemudian kembali dengan senjatanya yang lama dan berhasil menahan gelombang serangan pertama. Namun, Mesin-mesin tersebut menyerang dengan gelombang kedua yang mengejutkan dan melumpuhkan pertahanan desa. Sebagian besar penduduk desa tewas, dan A2 memerintahkan Pascal untuk mengevakuasi para penyintas ke Kamp Perlawanan sementara dia menahan serangan Mesin. Dia kemudian mencoba menghentikan Goliath yang mendekat, tetapi tidak dapat menghentikannya bahkan dengan Mode Berserker-nya. Pascal kemudian tiba untuk membantu dengan tubuh Goliath yang dirampas. Sementara itu, 9S mencapai sub-unit kedua, “Soul Box”. Dia meretas server Soul Box dan menemukan berkas yang mengungkapkan bahwa menara Mesin sebenarnya adalah meriam raksasa, dan teknologi Black Box yang digunakan oleh android YoRHa sebenarnya dibalik-rekayasa dari inti Mesin, sehingga baik android YoRHa maupun Mesin memiliki asal usul yang sama. Menolak percaya informasi ini, 9S menyerang inti Soul Box tetapi dihack balik. Inti tersebut mencoba menyiksanya dengan menghapus kenangannya tentang 2B, tetapi 9S berhasil menghancurkan inti tersebut dalam amarahnya.

---

Alternate Ending: Pod 042 dan 153 membahas cara mengelola waktu untuk episode-episode yang tersisa, dan menyimpulkan bahwa demi efisiensi waktu, segmen akhir alternatif akan dihentikan mulai saat ini.

Pascal berhasil menghancurkan musuh Goliath, tetapi dia dan A2 menerima panggilan darurat dari Kamp Perlawanan. Sementara itu, 9S mencapai sub-unit ketiga, "God Box", di mana dia mendengar pesan terakhir 2B yang mengakui bahwa dia menikmati waktu yang dihabiskannya bersama 9S, menganggapnya sebagai "cahayanya". 9S menghancurkan inti God Box dalam amarah sebelum pingsan. Sebelum pertempuran, Lily menerima anak-anak Mesin ke dalam Kamp Perlawanan untuk melindungi mereka. Namun, salah satu anak terinfeksi virus yang menyebar dengan cepat ke seluruh kamp, menginfeksi hampir seluruh anggota Perlawanan. Alih-alih melarikan diri, Lily mengumpulkan sisa-sisa penyintas untuk mengeliminasi semua pejuang Perlawanan yang terinfeksi sebelum mereka bisa melarikan diri dari kamp dan menginfeksi lebih banyak android, meskipun dia memerintahkan Devola dan Popola untuk dievakuasi. Saat A2 dan Pascal tiba, Lily adalah satu-satunya penyintas Resistance tetapi juga terinfeksi, memaksa A2 untuk membunuhnya dengan belas kasihan. Pascal memeriksa anak-anak dan terkejut melihat bahwa anak yang terinfeksi membunuh yang lain karena dilanda ketakutan. Pascal menghancurkan dirinya sendiri dalam keputusasaan, menghancurkan dirinya dan anak tersebut. Dengan ketiga subunit dinonaktifkan, Mesin-mesin mengumumkan bahwa Menara kini dapat diakses, dan baik 9S maupun A2 menuju ke sana. Pod 042 dan 153 kemudian saling memperbarui informasi tentang kondisi A2 dan 9S, dan setuju untuk terus berbagi informasi satu sama lain.

Devola dan Popola menceritakan sejarah umat manusia, menyatakan bahwa setelah seekor naga dan raksasa jatuh ke Bumi, penyakit yang tak dapat disembuhkan mulai menyebar di kalangan umat manusia. Dalam keputusasaan, umat manusia meluncurkan Proyek Gestalt untuk memindahkan jiwa mereka ke tubuh baru. Proses tersebut diawasi oleh Devola dan Popola asli, tetapi mereka gagal menyelesaikan proyek tersebut, yang mengakibatkan kepunahan umat manusia. Sebagai hukuman, kepemimpinan android memprogram semua model Devola dan Popola untuk merasakan rasa bersalah yang luar biasa, dan mereka kemudian dianiaya oleh android lain. Di masa kini, 9S mencapai Menara dan meretas pintu masuk untuk membukanya. Dia bertemu dengan doppelganger dirinya yang mengingatkan dia tentang bagaimana 9S dibunuh berkali-kali oleh 2B, tetapi dengan 2B yang sudah tidak ada, ada kemungkinan akhir yang baru. Pintu Menara terbuka dan 9S diselamatkan dari serangan Mesin oleh Devola dan Popola, yang melakukan perbaikan padanya dan mengirimnya ke dalam Menara sementara mereka menahan Mesin-Mesin lain. Devola dan Popola akhirnya mengalami kerusakan parah sementara 9S terpaksa melanjutkan perjalanan sendirian melalui Menara. Pod 153 memperingatkan Pod 042 tentang kondisi mental 9S yang semakin memburuk, tetapi Pod 042 hanya dapat menyarankan agar 9S mencoba beristirahat dan melakukan perawatan.

A2 tiba di Menara dan menemukan bahwa Popola telah meninggal dunia akibat lukanya, sementara Devola terinfeksi virus. Setelah membunuh Devola dengan belas kasihan, A2 masuk ke dalam Menara. Di dalam, 9S bertemu dengan salinan 2B yang dia serang dan hancurkan tanpa henti, tetapi salah satunya meledak sendiri, menghancurkan salah satu lengan 9S. 9S mengambil lengan salinan 2B untuk menggantikan lengan sendiri, mengabaikan risiko infeksi. Sementara itu, A2 memasuki perpustakaan di mana ia mengetahui bahwa Menara sebenarnya adalah meriam raksasa yang dirancang untuk menghancurkan server di bulan yang menyimpan data umat manusia, dan bahwa Proyek YorHa sengaja dirancang untuk gagal agar kebenaran tentang kepunahan umat manusia tidak pernah terungkap. Kehendak Jaringan Mesin mengamati segala yang terjadi, tetapi menghadapi konflik internal di mana setengah dari jaringan ingin memperpanjang pertempuran melawan android untuk mempercepat evolusi mereka sendiri, sementara setengah lainnya ingin menghancurkan android secepat mungkin dan meninggalkan Bumi untuk mencari planet baru untuk ditinggali. Suara-suara yang bertentangan di dalam jaringan kemudian mulai menyerang satu sama lain hingga salah satu pihak menang. Di puncak Menara, A2 dan 9S akhirnya berhadapan langsung. 9S, yang kini terinfeksi virus, menolak mendengarkan alasan, dan kedua android bersiap untuk bertarung satu sama lain.

A2 dan 9S bertarung satu sama lain, dengan A2 berhasil mengalahkan 9S dengan memotong lengannya. Namun, 9S membalas dengan meretas A2 dan mencoba menghancurkan tekadnya dengan menggoda A2 menggunakan kenangan tentang teman-teman dan rekan-rekannya yang telah hilang. Namun, A2 mengingat semua kenangan positif yang dia miliki bersama mereka dan menyatakan bahwa dia telah dipercayakan dengan tekad mereka, jadi dia akan terus bertarung. Dengan bantuan Pod 042, dia mematahkan serangan hacking dan menumbangkan 9S. Dia kemudian didekati oleh kehendak Jaringan Mesin, yang menjelaskan bahwa mereka telah memutuskan untuk mengakhiri konflik dengan android dan mengubah tujuan Menara untuk meluncurkan sebuah ark yang berisi kenangan semua Mesin ke luar angkasa untuk mencari rumah baru. A2 memulai peluncuran, yang menghancurkan Menara sementara Pod 042 dan 153 membawa 9S ke tempat aman. Namun, Proyek YoRHa memasuki fase akhir untuk menghancurkan semua bukti keberadaannya. Pod 042 dan Pod 153 memutuskan untuk menentang proyek tersebut dan mengorbankan diri mereka untuk menghancurkan Pod lainnya dan membangun kembali 2B, 9S, dan A2. 2B dan 9S terbangun dan senang bisa bersatu kembali, sementara seorang wanita tak dikenal memperbaiki A2 yang pingsan dan menghilang.