Avifauna Jepang mencakup total 723 spesies, 17 spesies di antaranya adalah endemik, dan 30 spesies didatangkan oleh manusia. Berikut ini adalah daftar burung endemik atau hampir endemik di Jepang.

Nama	Keluarga	Penyebaran	Status IUCN[1]	Gambar
Accentor Jepang	Prunellidae	Tersebar luas
Sanma Jepang (subspesies dari Alauda arvensis)	Alaudidae	Tersebar luas
Berkik Jepang	Scolopacidae	Sebelah utara
Kicuit Jepang	Motacillidae	Tersebar luas
Kowak jepang	Ardeidae	Sebelah selatan
Burung bulbul Jepang	Cettiidae	Tersebar luas
Paok bidadari[2]	Pittidae	Sebelah selatan
Burung bunting kuning	Emberizidae	Tersebar luas
Puyuh Jepang	Phasianidae	Tersebar luas
Elang-alap jepang	Accipitridae	Tersebar luas
Jalak pipi kastanye	Sturnidae	Sebelah utara
Pegar tembaga	Phasianidae	Tersebar luas
Pegar hijau	Phasianidae	Tersebar luas
Lidth's jay	Corvidae	Kepulauan Amami
Grosbeak Jepang	Fringillidae	Tersebar luas
Bangau Mahkota-merah	Gruidae	Sebelah utara
Murrelet Jepang	Alcidae	Tersebar luas
Waxwing Jepang	Bombycillidae	Tersebar luas
Thrush Izu	Turdidae	Kepulauan Ryukyu: Kepulauan Izu, Yakushima dan Kepulauan Tokara
Thrush Jepang	Turdidae	Tersebar luas
Petrel badai Matsudaira	Hydrobatidae	Kepulauan Bonin
Onagadori	Phasianidae	Tersebar luas	-
Pelatuk hijau Jepang	Picidae	Tersebar luas
Pelatuk kerdil Jepang	Picidae	Tersebar luas
Pelatuk Okinawa	Picidae	Pulau Okinawa
Robin Jepang	Muscicapidae	Tersebar luas
Robin Ryukyu	Muscicapidae	Kepulauan Nansei
Burung penangkap lalat paradise Jepang	Monarchidae	Tersebar luas
Trulek Kelabu	Charadriidae	Tersebar luas
Burung kacamata Jepang	Zosteropidae	Tersebar luas

• Daftar burung menurut wilayah
• Daftar hewan di Jepang

Wikimedia Commons memiliki media mengenai category:Birds of Japan.

• Daftar periksa Burung Jepang (dalam bahasa Jepang)
• Ensiklopedia Burung Jepang di Suntory no Aichō Katsudō (dalam bahasa Jepang)