Babak gugur Liga Champions UEFA 1996–1997 dimulai pada 5 Maret 1997 dan diakhiri dengan final di Olympiastadion di München pada 28 Mei 1997. Dua tim teratas dari masing-masing empat grup di babak grup berkompetisi di babak gugur. Pengundian untuk perempat final dilakukan sebelum dimulainya babak penyisihan grup, dengan pemenang dari setiap grup diundi melawan runner-up dari yang lain; grup A berpasangan dengan grup B, dan grup C dengan grup D. Untuk babak semifinal, pemenang dari setiap pertandingan antara tim dari grup A dan B bermain melawan pemenang pertandingan yang sesuai antara tim dari grup C dan D.

Setiap perempat final dan semifinal dimainkan dalam dua leg, dengan masing-masing tim memainkan satu leg di kandang; tim yang mencetak gol terbanyak dalam dua leg lolos ke babak berikutnya. Jika kedua tim mencetak jumlah gol yang sama dalam dua leg, tim yang mencetak lebih banyak gol tandang akan lolos ke babak berikutnya; jika kedua tim mencetak jumlah gol tandang yang sama, pertandingan akan menjadi gol emas perpanjangan waktu dan kemudian adu penalti jika kedua tim tidak dapat dipisahkan setelah perpanjangan waktu.

	Perempat final						Semi final						Final
	Borussia Dortmund	3	1	4
	Auxerre	1	0	1
							Borussia Dortmund	1	1	2
							Manchester United	0	0	0
	Manchester United	4	0	4
	Porto	0	0	0
													Borussia Dortmund	3
													Juventus	1
	Ajax (p.w.)	1	3	4
	Atlético Madrid	1	2	3
							Ajax	1	1	2
							Juventus	2	4	6
	Rosenborg	1	0	1
	Juventus	1	2	3

Tim 1	Agregat	Tim 2	Leg 1	Leg 2
Borussia Dortmund	4–1	Auxerre	3–1	1–0
Manchester United	4–0	Porto	4–0	0–0
Ajax	4–3	Atlético Madrid	1–1	3–2 (p.w.)
Rosenborg	1–3	Juventus	1–1	0–2

5 Maret 1997

20:30

Borussia Dortmund	3–1	Auxerre
Riedle 12' Schneider 54' Möller 83'	Laporan	Lamouchi 75'

Westfalenstadion, Dortmund

Penonton: 47,500

Wasit: José María García-Aranda (Spanyol)

5 Maret 1997

19:30

Manchester United	4–0	Porto
May 22' Cantona 34' Giggs 61' Cole 80'	Laporan

Old Trafford, Manchester

Penonton: 53,415

Wasit: Anders Frisk (Swedia)

5 Maret 1997

20:30

Ajax	1–1	Atlético Madrid
Kluivert 53'	Laporan	Esnáider 8'

Amsterdam Arena, Amsterdam

Penonton: 51,000

Wasit: Markus Merk (Jerman)

5 Maret 1997

20:30

Rosenborg	1–1	Juventus
Soltvedt 51'	Laporan	Vieri 53'

Lerkendal Stadion, Trondheim

Penonton: 20,246

Wasit: Marc Batta (Perancis)

19 March 1997

20:30

Auxerre	0–1	Borussia Dortmund
	Laporan	Ricken 61'

Stade de l'Abbé-Deschamps, Auxerre

Penonton: 21,000

Wasit: Günter Benkö (Austria)

Borussia Dortmund menang agregat 4–1.

19 Maret 1997

20:30

Atlético Madrid	2–3 (p.w.)	Ajax
Kiko 29' Pantić 105' (pen.)	Laporan	R. de Boer 49' Dani 100' Babangida 119'

Vicente Calderón, Madrid

Penonton: 56,000

Wasit: Serge Muhmenthaler (Swiss)

Ajax menang agregat 4–3.

19 Maret 1997

20:30

Juventus	2–0	Rosenborg
Zidane 29' Amoruso 89' (pen.)	Laporan

Stadio delle Alpi, Turin

Penonton: 35,371

Wasit: Vítor Melo Pereira (Portugal)

Juventus menang agregat 3–1.

19 Maret 1997

19:30

Porto	0–0	Manchester United
	Laporan

Estádio das Antas, Porto

Penonton: 38,000

Wasit: Kim Milton Nielsen (Denmark)

Manchester United menang agregat 4–0.

Tim 1	Agregat	Tim 2	Leg 1	Leg 2
Borussia Dortmund	2–0	Manchester United	1–0	1–0
Ajax	2–6	Juventus	1–2	1–4

9 April 1997

20:30

Borussia Dortmund	1–0	Manchester United
Tretschok 76'	Laporan

Westfalenstadion, Dortmund

Penonton: 48,500

Wasit: Nikolai Levnikov (Rusia)

9 April 1997

20:30

Ajax	1–2	Juventus
Litmanen 66'	Laporan	Amoruso 14' Vieri 41'

Amsterdam Arena, Amsterdam

Penonton: 51,200

Wasit: Antonio Jesús López Nieto (Spanyol)

23 April 1997

19:30

Manchester United	0–1	Borussia Dortmund
	Laporan	Ricken 8'

Old Trafford, Manchester

Penonton: 53,606

Wasit: Urs Meier (Swiss)

Borussia Dortmund menang agregat 2–0.

23 April 1997

20:30

Juventus	4–1	Ajax
Lombardo 34' Vieri 36' Amoruso 79' Zidane 80'	Laporan	Melchiot 75'

Stadio delle Alpi, Turin

Penonton: 62,377

Wasit: Kim Milton Nielsen (Denmark)

Juventus menang agregat 6–2.

28 Mei 1997

20:30 CEST

Borussia Dortmund	3–1	Juventus
Riedle 29', 34' Ricken 71'	Laporan	Del Piero 65'

Olympiastadion, München

Penonton: 59,000^[1]

Wasit: Sándor Puhl (Hungaria)